Cyclades es un juego con mecánicas principales de control de áreas y subastas en el que los jugadores controlan una serie de pueblos griegos intentando ser los primeros en desarrollar y/o controlar dos metrópolis al final de una ronda (momento en el que se detona el final de la partida). Las rondas se dividen en dos fases, una primera de subasta por las dioses disponibles (que permiten resolver diversas acciones), y una segunda en la que se realizan las acciones en el orden en el que se han organizado los dioses al comienzo de la ronda. Estas acciones permiten a los jugadores añadir tropas o flotas al tablero, desplazar estas unidades (para controlar nuevas zonas o, incluso, entrar en combate), construir edificios (fundando una metrópoli en el momento que se controle un edificio de cada tipo), obtener dinero y otros elementos, como sacerdotes (que aplican descuentos en las subastas) o filósofos (que proporcionan una forma alternativa para fundar metrópolis).